O povoamento do Paranapanema médio, onde se insere a cidade de Piraju começou em datas bastante recuadas, comprovadas pelas pesquisas arqueológicas que a Universidade de São Paulo desenvolve na área desde o final dos anos 60 (Morais JL 1983; Pallestrini & Morais JL, 1981)

Os sítios arqueológicos mais antigos têm a idade entre 5 mil e 8 mil anos antes do presente, sendo constituídos por vários testemunhos arqueológicos, principalmente a pedra lascada, produzida por povos indígenas caçadores-coletores nômades (Morais JL, 1997; 2000). Posteriormente, por volta do início da Era Cristã, povos indígenas agricultores se instalaram na região, introduzindo nova ordem econômica: a produção incipiente, situação que perdurou até o século XVI, quando ocorreu a invasão Ibérica (Araújo, 2001; Faccio, 1992; 1998; Kashimoto, 1992; 1998; Kunzli, 1991; Morais JL 1998)

Naquela época, os índios guaranis povoavam o vale do Paranapanema. Pela política colonial das coroas portuguesa e espanhola (que fizou a linha demarcatória do tratado de Tordesilhas), a região do Paranapanema médio-inferior seria terra espanhola.

No século XVII, desafiando a política das potências ibéricas, os paulistas passaram a atacar as reduções jesuíticas espanholas para aprisionar índios como escravos. Para isso, percorreram as mesmas trilhas indígenas conhecidas como peabirus, que margeavam o Paranapanema na direção oeste. Os ataques forçaram a mudança das reduções jesuíticas do Paranapanema para o sul, provocando o despovoamento do vale quase dois séculos.

O repovoamento começou em meados do segundo quartel do século XIX, quando posseiros vindos do leste, da região do Tietê médio e do sul de Minas Gerais, começaram a comprar posses nas terras devolutas do Paranapanema, fundando os núcleos iniciais da rede urbana regional (Morais JL, 1996). Sua base econômica era a agropecuária, principalmente o plantio de cana-de-açúcar, do algodão e a criação de suínos. Tais núcleos era conhecidos como patrimônios. Piraju nasceu dessa forma, a partir de uma gleba doada à Mitra Diocesana por três famílias de posseiros - Arruda, Faustino e Graciano - onde foi levantada uma capela sob a invocação de São Sebastião, o padroeiro da cidade. A época mais provável desse acontecimento estaria situada entre 1850 e 1860 (Napolitano, 1996).

Na mesma ocasião e na direção oposta (de oeste para leste), vinham os guaranis de Mato Grosso do Sul, em migrações messiânicas na procura de um lugar mitológico chamado "yvy marane'y", que quer dizer 'terra sem mal' que, de acordo com a tradição, ficava no leste. Esta invasão pacífica dos guaranis encontrou a invasão não tão pacífica dos posseiros (Morais, 1998)

Para amenizar o problema, o governo da então Província de São Paulo, por iniciativa do Barão de Antonina, começou a organizar aldeamentos indígenas, agrupando os guaranis sob a tutela de padres capuchinhos italianos. Nas proximidades de Piraju, naquela época chamada São Sebastião do Tijuco-preto, situava o aldeamento do Pirã-yú, localizado a pouco mais de 1 km abaixo da capela do patrimônio, junto ao "salto Piraju".

Os índios Guaranís se instalaram alí porque os dourados eram abundantes no local, saltavam para tentar vencê-lo rio acima com dificuldade por causa da grande quantidade de água concentrada em pouco espaço, se torando pesas fáceis para as lanças de pedras afiadas. Daí a origem do Pirã-yu que em Tupi-guaraní significa peixe amarelo, que é o próprio dourado.

 

Mais tarde, o aldeamento foi transferido para uma posição mais distante, rio abaixo, nas proximidades do salto do Palmital (divisa de Timburi). Em 1912, por causa de sua total decadência, os poucos índios residentes no salto Piraju foram transferidos para a reserva de Araribá, nas proximidades de Bauru (Morais JL, 1998, Arqueologia da Arquitetura, Morais, Daisy, 2007).